2005年、アラスカはフォックス諸島沖にある核兵器廃棄所シャドー・モセス島にてテロが発生した。実行者は、直前まで当地で軍事演習を行っていたアメリカのハイテク特殊部隊『FOX HOUND』であり、それを率いるは、元SAS隊員にして数々の武勲を挙げていた『リキッド・スネーク』。彼らは手にした大量の核弾頭を背景に、アメリカ政府へ伝説の英雄『ビッグボス』の遺体を要求する。
この要求に対しアメリカ政府は、引退していた元FOX HOUNDの――かつて『ビッグボス』を倒した――伝説の兵士『ソリッド・スネーク』を召喚し、彼に極秘任務を与える。シャドー・モセス島へと単独潜入し、人質となっているDARPA局長とアームズ・テック社社長を救出。同時にテロリスト達の核発射能力の有無を調査する命令を受けたソリッド・スネークは、特殊潜行艇に乗り、密かにシャドー･モセス島へと潜入を開始する。
| 登場人物 | 種別（作品内） | 武器名（作品内名） | 備考 |
| ソリッド・スネーク | 拳銃 | ソーコムピストル (SOCOM) | プロトタイプ レーザーサイト装着 サプレッサー装着可能 |
| 拳銃 | M9 | 麻酔銃改造型 レーザーサイト装着 サプレッサー装着 THE TWIN SNAKES限定 | |
| 短機関銃 | HK MP5SD5 | ｢インテグラル｣限定 レーザーサイト装着 | |
| アサルトライフル | ファマス (FA-MAS) | G1 | |
| 狙撃用ライフル | PSG1 | 改造麻酔銃も登場 | |
| 軽機関銃 | サコー M60 | ジープの車載機銃 | |
| 地対空ミサイル | スティンガー・ミサイル (STINGER MISSILE) | − | |
| 無線誘導ミサイル | リモコンミサイル (NIKITA MISSILE) | 別名ニキータ・ミサイル 架空兵器 | |
| 対人指向性地雷 | クレイモア (CLAYMORE) | ステルス迷彩(姿が見えない) レーザーセンサーにより起爆 | |
| 破片手榴弾 | グレネード (GRENADE) | − | |
| リキッド・スネーク | アサルトライフル | ファマス | − |
| リボルバー・オセロット | 拳銃 | シングル・アクション・アーミー | − |
| メリル・シルバーバーグ | 拳銃 | デザート・イーグル | 口径は50アクション・エキスプレス |
| アサルトライフル | ファマス | ジョニー佐々木から奪う | |
| スナイパー・ウルフ | 狙撃用ライフル | PSG1 | レーザーサイト装着 |
| バルカン・レイヴン | 機関砲 | M61 20ミリ多砲身機関砲 | 20ミリバルカン 作中の説明ではF16に搭載されている戦闘機用機関砲 この人、持ち歩いています。 ドラムマガジン |
| ジョニー佐々木 | アサルトライフル | ファマス | タクティカルライト装着 |
| ゲノム兵 | アサルトライフル | ファマス | タクティカルライト装着 |
| 軽機関銃 | サコー M60 | M1戦車搭載 |
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