2005年、アラスカはフォックス諸島沖にある核兵器廃棄所シャドー・モセス島にてテロが発生した。実行者は、直前まで当地で軍事演習を行っていたアメリカのハイテク特殊部隊『FOX HOUND』であり、それを率いるは、元SAS隊員にして数々の武勲を挙げていた『リキッド スネーク』。彼らは手にした大量の核弾頭を背景に、アメリカ政府へ伝説の英雄『ビッグボス』の遺体を要求する。
この要求に対しアメリカ政府は、引退していた元FOX HOUNDの――かつて『ビッグボス』を倒した――伝説の兵士『ソリッド スネーク』を召還し、彼に極秘任務を与える。シャドー・モセス島へと単独潜入し、人質となっているDARPA局長とアームズ・テック社社長を救出。同時にテロリスト達の核発射能力の有無を調査する命令を受けたソリッド スネークは、特殊潜行艇に乗り、密かにシャドー・モセス島へと潜入を開始する。
| 登場人物 | 種別 | 火器名（作品内名） | 備考 |
| ソリッド スネーク | 拳銃 | SOCOM | レーザーサイト 消音器 |
| ソリッド スネーク | 短機関銃 | MP5SD5? | 「インテグラル」限定 |
| ソリッド スネーク | 突撃銃 | FAMAS | − |
| ソリッド スネーク | 自動小銃 | PSG-1 | − |
| ソリッド スネーク | 軽機関銃 | M60 | 脱出時・車載型 |
| ソリッド スネーク | 対空ミサイル | STINGER | − |
| ソリッド スネーク | 偵察ミサイル | NIKITA | 架空兵器 |
| リキッド スネーク | 突撃銃 | FAMAS | − |
| リボルバー オセロット | 拳銃 | シングルアクションアーミー? | − |
| メリル シルバーバーグ | 拳銃 | デザートイーグル | .50AE |
| メリル シルバーバーグ | 突撃銃 | FAMAS | − |
| スナイパー ウルフ | 自動小銃 | PSG-1 | − |
| バルカン レイヴン | 重機関銃 | M61A1 | − |
| ゲノム兵 | 突撃銃 | FAMAS | − |
| ジョニー佐々木 | 突撃銃 | FAMAS | − |
| ゲノム戦車兵 | 軽機関銃 | M60 | M1戦車搭載 |
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