前作で起こった『マンハッタン島封鎖事件』から3年。主人公アヤ・ブレアはNY市警を辞め、FBIに設置されたM.I.S.T.(ミトコンドリア調査・鎮圧班)の捜査官としてミトコンドリア関連の事件を追っていた。そんな折り、LA市警から連絡が入る。 それは2000年の9月。肌寒い夏の終わりの日であった―――