従来のアクションゲームとは異なり、「不必要な戦闘を回避し、敵から隠れながら進む」ゲームで、初代作品の媒体であるMSXはゲーム機としての性能があまり高いものではないため、多数の処理を高速でこなさなくてはならないアクションゲームの開発はできなかった。
しかし監督の小島秀夫が、「戦闘シーンを作ることが困難なら、戦闘シーンを回避すること自体をゲームにすればいい」という逆転の発想をしたことで、「敵からひたすら逃げ回る」構想を経て「敵から隠れつつ進む」という画期的なシステムが誕生することになった。
余談だが、2008年に「ステルス要素を完全に取り入れた最初のビデオゲーム」として、ギネス世界記録「GAMER'S EDITION 2008」に認定された。
・ストーリー
80年代後半に、英雄的かつ狂人とも云われた1人の傭兵によって南アフリカの奥地に生まれた武装要塞国家「アウターヘブン」（OUTER HEAVEN）。今、この「アウターヘブン」で、全世界の軍事史を塗り変えてしまう程の恐るべき殺戮兵器が開発されているという。政府はこの謎の兵器の情報を収集すべく、ハイテク特殊部隊「FOXHOUND」の出動を要請する。
総司令官のビッグボスはこれに対し、部隊の最優秀兵士グレイ・フォックスを派遣。しかし数日後、調査を行っていたフォックスは「メタルギア…」という言葉を最後に消息を絶つ。
政府は再度「FOXHOUND」に出動を要請。ビッグボスはFOXHOUNDに入隊したばかりの新米隊員ソリッド・スネークを指名し、全てを託す。スネークに課せられた任務は、「アウターヘブン」に潜入し、行方不明となったフォックスを捜索して情報を得て最終兵器「メタルギア」を破壊することである。スネークは単身、FOXHOUND隊員としての初任務のため、戦場に向かう。
| 使用者 | ゲーム内名称 | 銃器名 | 備考 |
| ソリッドスネーク | ハンドガン | ベレッタ M92 | サプレッサー装着可 |
| サブ・マシンガン | MAC M11 | サプレッサー装着可 | |
| グレネード・ランチャー | コルト M79 | グラフィックはMP5SD風 | |
| リモコンミサイル | − | 架空武器 | |
| ロケット・ランチャー | USSR RPG7 | − | |
| ショット・ガンナー（ショット・メーカー） | ショットガン | − | − |
| マシンガン・キッド | マシンガン | − | − |
| ファイヤー・トルーパー | 火炎放射器 | − | − |
| カワード・ダック | ブーメラン | − | − |
・ストーリー
1990年代後半、核の脅威の時代は終焉を告げた。米中ソ等の大国間を始め、各地の地域紛争も和解・緩和に向かい、世界は安定の世紀を迎えようとしていた。そんな折、中東のソ連、中国、中近東に隣接するザンジバーランドに新たな軍事政権が樹立。ザンジバーランドは世界各地の廃棄用核兵器貯蔵庫を襲撃し、世界唯一の核武装を遂げた後、隣国への無差別侵攻を開始、世界に再び核の脅威が訪れようとしていた。
一方、30年は持つとされていた世界の石油だが、代替エネルギーが得られぬまま石油資源の枯渇が到来し、世界は深刻なエネルギー危機に直面していた。そんな中、チェコの生物学者キオ・マルフ（Kio Marv）博士により、高純度の石油を精製する微生物（微細藻類）「OILIX」が発明され、世界はOILIXを巡り再び緊張と混沌の状態へ移行した。博士はアメリカの学会に出席する為に渡米するが、途中ザンジバーランドによって拉致される。ザンジバーランドは核とOILIXによる軍事優位の確保を試みたのである。僅か数ミクロンの微生物が世界を動かそうとしている。武装要塞ザンジバーランドに単独潜入、キオ・マルフ博士を救出し、世界を核の脅威から守る為、再びソリッド・スネークに極秘任務が下る―。
| 使用者 | ゲーム内名称 | 銃器名 | 備考 |
| ソリッドスネーク | ハンドガン | ベレッタ M92 | サプレッサー装着可 |
| サブ・マシンガン | MAC M11 | サプレッサー装着可 | |
| リモコンミサイル | MD M47 | − | |
| スティンガーミサイル | GD FIM92 | − | |
| ナイト・フライト | − | 67式微声手鎗 | − |
| 使用者 | 銃器名 | 備考 |
| レオーネ部隊 | USSR AKS74U | − |
| 使用者 | 銃器名 | 備考 |
| ソリッド・スネーク | H&K G36 | G36Cタイプ |
・ストーリー
世界の民間軍事会社（PMC）を巻き込んだ「ガンズ オブ ザ パトリオット」事件から３年余りが経過した。
戦争がビジネスとなった時代は終焉を迎えるかに思われたが、アメリカのサイボーグ技術の流出が、戦場に新たな非対称性を持ち込んだ。
かつて少年兵としてリベリア内戦に参加、“ジャック・ザ・リッパー”の名で怖れられたという雷電は、現在はサイボーグとして民間軍事警備会社（PMSCs）“マヴェリック・セキュリティ・コンサルティング”に所属し、新興国での要人警護や国軍の訓練などを請け負うことで糊口を凌いでいた。しかし内戦を脱し復興を遂げたはずの国で、雷電達は多数のサイボーグを擁する勢力に襲撃を受け、復興の立役者である首相は死亡。敵の用心棒サムは雷電の剣が「快楽を怖れている」と指摘、雷電はサムに敗れ左目と左腕を失うことになる。
調査の結果、敵勢力は“デスペラード・エンフォースメント”として米国に登記されたＰＭＣであると判明。さらに彼らが、米ロの思惑が交錯するアブハジアにて首都を占拠したとの情報が入る。ロシア出身のマヴェリック社代表ボリスは、ロシア連邦保安庁（FSB）からの根回しを受けて、首都奪還の業務を受注。新たなサイボーグとして再起動した雷電は、デスペラード社とサムへの雪辱戦（リベンジ）に赴く。
世界各地で暗躍するデスペラード社と、その背後で蠢く影、そして不可解なサムの発言。戦いの中で明らかになるのは、自由な情報発信が保証されてもなお剥奪され続ける“真実”。
吹き荒れる暴力の嵐の中、過去と対峙した雷電は、一つの決断を下す――。
| 使用者 | 銃器名 | 備考 |
| 雷電 | HK MK23 | 通常作戦義体およびMGS4仕様の旧型義体で所持 使用不可 |
| ボリス・ヴャチェスラヴォヴィチ・ポポフ | ブローニング M2 | 装甲車に搭載 |
| マヴェリック社コントラクター | ||
| 月光(アーヴィング) | ブローニング M2 | 2門搭載 |
| 架空武器 |
| 使用者 | ゲーム内名称 | モデル武器 | 備考 |
| 雷電 サムエル・ホドリゲス | LAG-2 (ROCKET LAUNCHER) | パンツァーファウストIII | 多目的ロケット擲弾発射器 |
| HOMING MISSILE | スティンガー | 携行型地対空誘導ミサイル | |
| GRENADE | US M67破片手榴弾 | グレネード | |
| RP. GRENADE | US M18発煙手榴弾 | 赤燐グレネード | |
| 高周波ムラサマブレード | コルト AR15 | サムエルの鞘に仕込まれたAR15系のレシーバー パイルを鍔に当てて、鞘から刀を打ち出す仕組み | |
| ボリス・ヴャチェスラヴォヴィチ・ポポフ | HOMING MISSILE | スティンガー | 旧式のため、フレアに妨害される |
| モンスーン | RP. GRENADE | US M18発煙手榴弾 | 赤燐グレネード |
| LQ-84i | |||
| デスペラード社コントラクター ワールド・マーシャル社コントラクター | − | シグザウエル P226R | スライドに「Cerberus S220」の文字 サイボーグ警官が使用 |
| MAK-200 | FN F2000 | ロシア製という設定の架空銃 フラットトップレイルにACOG風スコープ装着 AR15タイプのフロントサイト AKタイプのガスブロック | |
| LAG-2 (ROCKET LAUNCHER) | パンツァーファウストIII | − | |
| − | クリスアームズ クリス K10 | AR15系の物に似たマガジンに変更されている 光学サイトを装着 コレクションのMIBフィギュアが所持 | |
| マヴェリック社コントラクター | MAK-200 | FN F2000 | 上記参照 |
| HOMING MISSILE | スティンガー | 旧型のため、フレアに妨害される | |
| アフリカ某国兵士 | MAK-200 | FN F2000 | 上記参照 |
| 所長 | − | シグザウエル P226R | 上記の「Carberus S220」 |
| 仔月光(トライポッド) | − | クリスアームズ クリス K10 | 上記参照 |
| マスティフ | − | US MK19 | 機関銃 |
| ラプター | |||
| スライダー | |||
| グラート | − | NSVないしKord | − |
| − | 無人砲塔(UGT) | GE M134 | 四銃身ガトリングガン マップ上に設置された機銃 |
| 使用者 | 銃器名 | 備考 |
| ソリッド・スネーク | H&K P7 | 序盤で使用 |
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