あるとき、FOXを除隊した主人公スネークは薄汚れた留置場で目を覚ます。そこは南米「サンヒエロニモ半島」だった。目の前にはFOXの捕虜尋問官を名乗る男。彼はスネークに問いかけた。
| 登場人物 | 種別 | 火器名 | 備考 |
| ネイキッド・スネーク(ジャック) その他プレイヤーキャラ | 自動拳銃 | MK22 | サプレッサー装着 麻酔弾 |
| 自動拳銃 | M1911A1 | ノーマルモデル | |
| 回転式拳銃 | SAA | ブラックパウダー アーティラリー | |
| 散弾銃 | M37 | ソードオフモデル | |
| 散弾銃 | M870 | − | |
| 短機関銃 | スコーピオン | レーザーサイト装着 | |
| 短機関銃 | UZI | − | |
| 短機関銃 | M10 | サプレッサー装着 | |
| 突撃銃 | M16A1 | − | |
| 突撃銃 | XM177 | サプレッサー装着 | |
| 突撃銃 | AK-47 | − | |
| 自動小銃 | SVD | − | |
| 小銃 | モシン ナガン | 折り畳みストック ピストルグリップ,麻酔弾 | |
| 軽機関銃 | M63 | 軽機関銃モデル | |
| 対人地雷 | クレイモア | 動体反応式 | |
| 対物火器 | RPG-7D | 光学サイト装着 | |
| ジョナサン | 突撃銃 | AK-47 | − |
| パイソン | 突撃銃 | M16A1 | M203装着 冷凍弾 |
| ヌル | 短機関銃 | M10 | − |
| スコウロンスキー大佐 | 突撃銃 | AK-47 | − |
| リボルバー・オセロット | 回転式拳銃 | SAA | ブラックパウダー アーティラリー |
| カニンガム | 突撃銃 | M16A1 | ムービーシーンで使用 発砲なし |
| 重機関銃 | ブラウニング M1917 | フライングプラットフォームに搭載 | |
| RAXA | 重機関銃 | GE M134 | − |
| ソ連兵 | 自動拳銃 | M1911A1 | ノーマルモデル 防弾盾と同時に装備 |
| 短機関銃 | スコーピオン | レーザーサイト装着 | |
| 突撃銃 | AK-47 | − | |
| 突撃銃 | M16A1 | − | |
| 対物火器 | RPG-7D | 光学サイト装着 | |
| FOX隊員 | 散弾銃 | M37 | ソードオフモデル |
| 短機関銃 | スコーピオン | レーザーサイト装着 | |
| 突撃銃 | XM177 | サプレッサー装着 | |
| 自動小銃 | SVD | − | |
| 女性士官 | 自動拳銃 | M1911A1 | ノーマルモデル |
| 上級士官 | 自動拳銃 | M1911A1 | ノーマルモデル |
| 突撃銃 | AK-47 | − | |
| 突撃銃 | M16A1 | − |
| 登場人物 | 種別 | 火器名 | 備考 |
| ネイキッド・スネーク(ジャック) その他プレイヤーキャラ | 自動拳銃 | MK23 | サプレッサー装着 レーザーサイト装着 |
| 短機関銃 | P-90 | − | |
| 突撃銃 | M4A1 | レーザーサイト装着(使用不可) | |
| 突撃銃 | M4 SOPMOD | フォアグリップ装着 RAS装着 | |
| 突撃銃 | AKS74U | レーザーサイト装着(使用不可) | |
| 突撃銃 | FAMAS | G1 | |
| 雷電 | 自動拳銃 | MK23 | サプレッサー装着 レーザーサイト装着 |
| オールド・スネーク | 突撃銃 | M4 SOPMOD | フォアグリップ装着 RAS装着 |
| ロイ・キャンベル | 自動拳銃 | MK23 | サプレッサー装着 レーザーサイト装着 |
| 突撃銃 | M16A1 | − | |
| ゴルルコビッチ傭兵部隊 | 突撃銃 | AKS74U | レーザーサイト装着(使用不可) |
| ハイテク兵 | 突撃銃 | M4A1 | レーザーサイト装着(使用不可) |
| SEALs10兵士 | 突撃銃 | M4A1 | レーザーサイト装着(使用不可) |
| 天狗兵士 | 短機突撃銃 | P-90 | − |
| ゲノム兵 | 突撃銃 | FAMAS | G1 |
| 女性ソ連兵 | 拳銃 | M1911A1 | ノーマルモデル |
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