世界がまだ西と東に分かれて対立していた時代・・・・
その冷戦直中の、1964年。ひとりの英雄がソ連に亡命した。
英雄は第二次大戦中、連合軍を勝利に導いたとされる特殊部隊の母、「ザ・ボス」。ところがその際、ソ連に持ち込んだ米国製小型核弾頭が暴発、ソ連の研究施設が消滅してしまう。
これを発端として全面核戦争の危機に直面した米ソ首脳は、世界の終焉を回避する為、この件における米政府の潔白を証明すること、すなわち伝説的英雄である「ザ・ボス」を抹殺することだった。
暗殺の任務についたのは英雄の唯一無二の弟子である、「スネーク」。
苦渋の選択を迫られた「スネーク」は「ザ・ボス」をソ連領内、グロズニィグラードで殺害、米国の潔白は証明され、核戦争の危機は去った。
世界を救った「スネーク」は真の英雄として「BIGBOSS」の称号をもって迎えられる。
しかし、その授与式典を最後にスネークは姿を消した・・・・
（公式サイトより）
| 使用者名 | 種別 | 火器名 | 備考 |
| スネーク MSF兵 | 回転式拳銃 | M19 | 4インチモデル 改良により6インチモデル化、レーザーサイト装着 |
| 自動拳銃 | MK.22 | Mk.22 Mod.0（ハッシュパピー） 初期装備 サプレッサー標準装備 麻酔銃仕様 | |
| M1911A1 | 改良でサプレッサー装着可能 『MGS3』仕様のカスタムガバも存在 | ||
| EZ GUN | リベレーター似の架空銃 気力弾、体力回復弾専用 | ||
| PM | − | ||
| PB/6P9 | 固定式サプレッサー装着 | ||
| C96 | モデルはM1932 使用弾薬は9x19mm 改良によりフルオート化、固定弾倉が20連に | ||
| SUPPLY MK. | 物資投下・砲撃支援用の拳銃型マーカー 形状はEZGUNと同じ | ||
| STRIKE MK. | |||
| その他拳銃 | K.PISTOL | 改良によりシュツルムピストル型に派生 | |
| 散弾銃 | TWIN BRL | モデルはレミントン・スパルタン水平二連散弾銃 ソードオフモデルも存在 | |
| M37 | ソードオフモデル 改良により装弾数増加、サプレッサー装着 固定ストック&ロングバレル、スコープ搭載型にも派生 | ||
| SPAS12 | 折り畳みストック 改良により装弾数増加 74年当時はまだ存在しない銃器 | ||
| CAW | CAWS 74年当時はまだ存在しない銃器 | ||
| 突撃銃 | M16A1 | 初期装備 改良によりサプレッサー、M203、レーザーサイト装着 アンダーバレルショットガン仕様にも派生 | |
| M653 | 改良によりサプレッサー、M203装着 アンダーバレルショットガン仕様にも派生 | ||
| RK47 | AK47 開発によりGP-25*1装着 | ||
| ADM63 | AKM63 | ||
| ADM65 | AMD65 | ||
| FAL | 開発によりカービン化、レーザーサイト装着 | ||
| G11 | プロトタイプ2 | ||
| SUG | AUG A1 74年当時はまだ存在しない銃器 | ||
| PATRIOT | M16の短銃身版 弾数無限 ドラムマガジン（Ｃマグ）装着 | ||
| 短機関銃 | M10 | サプレッサー装着可能 エクステンションバレル装着型も存在 | |
| UZ61 | Vz.61 開発によりサプレッサー装着 | ||
| MP5A2 | 開発によりサプレッサー装着 | ||
| MP5SD2 | − | ||
| M1928A1 | 開発によりフォアグリップ化、ドラムマガジン装着 | ||
| 狙撃銃 | M1C | スコープ装着 気力回復弾仕様も存在 | |
| M21 | 改良でカービン化、サプレッサー装着 | ||
| M700 | 改良によりブルバレルに変更 回復弾仕様も存在 | ||
| M.NAGANT | 麻酔銃仕様 スケルトンストック?モデルも存在 改良でサプレッサー装着 | ||
| SVD | 改良で装弾数増加 暗視装置つきスコープ搭載モデルも存在 | ||
| WA2000 | 前期型 74年当時はまだ存在しない銃器 | ||
| RAIL GUN | 架空銃 『MGS2』『MGS4』のものに似た別物 ダイナモで電力供給可 | ||
| 軽機関銃 | M60 | 改良により短銃身化 | |
| PKM | 改良により装弾数増加、短銃身化 | ||
| M63A1 | 改良により短銃身化 | ||
| MG3 | 改良により装弾数増加 | ||
| RPK | 40連マガジン装備 改良により75連ドラムマガジン装着 ゲーム内分類ではアサルトライフル | ||
| 重機関銃 | M134 | 個人携行型 | |
| DShK | マップ内の銃座 | ||
| 対物火器 | LAW | − | |
| RPG2 | − | ||
| RPG7 | − | ||
| C.GUSTAV | カールグスタフM2 榴弾、フルトン麻酔弾仕様も存在 | ||
| FIM-43 | − | ||
| XFIM-92 | − | ||
| M47 | − | ||
| M202A1 | 74年当時はまだ存在しない火器 | ||
| PTRD1941 | ゲーム内分類ではスナイパーライフル | ||
| PTRS1941 | ゲーム内分類ではスナイパーライフル | ||
| 小銃 | MUSKET | 種子島 ゲーム内分類ではアサルトライフル | |
| 手榴弾 | GRENADE | − | |
| 対人地雷 | CLAYMORE | − | |
| CIAの傭兵 | 突撃銃 | M16A1 | − |
| M653 | − | ||
| RK47 | − | ||
| FAL | − | ||
| 自動拳銃 | M1911A1 | − | |
| 短機関銃 | M10 | − | |
| 散弾銃 | M37 | − | |
| SPAS12 | − | ||
| 狙撃銃 | M700 | − | |
| SVD | − | ||
| 軽機関銃 | M60 | − | |
| PKM | − | ||
| 対物火器 | LAW | − | |
| RPG7 | − | ||
| 重機関銃 | DShK | マップ内の銃座 | |
| ソ連兵 | 突撃銃 | RK47 | − |
| 軽機関銃 | PKM | − | |
| 散弾銃 | M37 | − | |
| 狙撃銃 | SVD | − | |
| 対物火器 | RPG7 | − | |
| ヴラジーミル・ザドルノフ | 自動拳銃 | PM | ムービー中に発砲 |
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