1962年に発生した『キューバ危機』は、アメリカとソ連が互いにミサイルを撤去し譲歩する形で幕を降ろす。しかしこの事件の影には、アメリカへと亡命したソ連兵器技師をソ連へと返還する裏があった。しかし、その技師――ニコライ・ステパノヴィッチ・ソコロフ――の開発していた兵器の存在を知ったアメリカCIAは、再びソコロフの奪還を決意。その任務に新設された隠密行動部隊“FOX”の派遣を決定した。
1964年８月、ソ連領上空３万メートルに１機のアメリカ軍ガンシップが飛行する。その後部ハッチに立つ１人の男。彼のコードネームは“ネイキッド・スネーク”。前代未聞の単独潜入任務に、いま、男は、大空を舞う蛇となる。
| 登場人物 | 種別 | 火器名 | 備考 |
| ネイキッド・スネーク | 拳銃 | MK22? | 減音器 麻酔弾 |
| ネイキッド・スネーク | 拳銃 | M1911A1 | 減音器 |
| ネイキッド・スネーク | 拳銃 | シングルアクションアーミー? | ブラックパウダー |
| ネイキッド・スネーク | 散弾銃 | M37? | ソードオフモデル |
| ネイキッド・スネーク | 短機関銃 | スコーピオン? | レーザーサイト付き |
| ネイキッド・スネーク | 突撃銃 | XM16E1 | ３点バースト機能付 |
| ネイキッド・スネーク | 突撃銃 | AK-47 | − |
| ネイキッド・スネーク | 突撃銃 | パトリオット | M16カービン Cマグ（多弾装） クリアアイテム |
| ネイキッド・スネーク | 自動小銃 | SVD | − |
| ネイキッド・スネーク | 小銃 | モシン・ナガン? | 折り畳みストック 麻酔弾 |
| ネイキッド・スネーク | 軽機関銃 | M63 | 軽機関銃モデル |
| ネイキッド・スネーク | 対人地雷 | クレイモア | 動体反応式 |
| ネイキッド・スネーク | 対物火器 | RPG-7D | − |
| ネイキッド・スネーク | 重機関銃 | DShK | 固定銃座 |
| ネイキッド・スネーク | 重機関銃 | ZU-23 | 山岳地銃座 |
| エヴァ | 拳銃 | 十七型拳銃 | 中国製モーゼル C96? .45ACPモデル |
| エヴァ | 拳銃 | シングルアクションアーミー? | シビリアン |
| エヴァ | 拳銃 | マカロフ | − |
| ザ・ボス | 突撃銃 | パトリオット | M16カービン Cマグ（多弾装） |
| ザ・ペイン | 短機関銃 | トミーガン? | ドラムマガジン |
| ジ・エンド | 小銃 | モシン・ナガン? | 折り畳みストック 麻酔弾 |
| オセロット | 拳銃 | マカロフ | − |
| オセロット | 拳銃 | シングルアクションアーミー? | 二挺拳銃 ブラックパウダー |
| ソ連兵（一般） | 突撃銃 | AK-47 | − |
| ソ連兵（一般） | 散弾銃 | M37? | ソードオフモデル |
| ソ連兵（一般） | 対物火器 | RPG-7 | − |
| ソ連兵（一般） | 重機関銃 | DShK | 固定銃座 |
| ソ連兵（スペツナツ） | 突撃銃 | AMD63 | ハンガリー製AK-47 |
| ソ連兵（スペツナツ） | 突撃銃 | M63 | − |
| ソ連兵（スペツナツ） | 散弾銃 | M37? | ソードオフモデル |
| ソ連兵（バイク兵） | 短機関銃 | スコーピオン? | − |
| ソ連兵（フライングプラットフォーム兵） | 短機関銃 | スコーピオン? | − |
| ソ連兵（火炎放射兵） | 火炎放射器 | M2 | − |
| ソ連将校 | 拳銃 | マカロフ | − |
| ソ連将校 | 突撃銃 | AK-47 | − |
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