シャドー・モセス島事件（MGS1?）から２年後、メタルギア・レックスの技術流出により「メタルギア」の知識は世界各国に分散された。その結果、多くのメタルギアの亜種が世界中で作られてしまう。そんな中、反メタルギアを掲げる非政府組織「フィランソロピー」のメンバー「ソリッド スネーク」と「ハル エメリッヒ」は、アメリカ海兵隊が新型メタルギアをタンカーで輸送中との情報をキャッチする。
ソリッド スネークは新型メタルギアの情報収集のため、嵐の中、ハドソン川を航行中のタンカーへと単独潜入を開始。だがそれは、新たなメタルギア事件の序章に過ぎなかった。占拠されるタンカー、謎の傭兵部隊、そして新型メタルギア「レイ」。様々な思惑の中、ソリッド スネークは思わぬ再会と予想外の展開の末、タンカーもろともハドソン川の濁流に巻き込まれ消息を絶つ。
そして再び２年の月日が流れ……
| 登場人物 | 種別 | 火器名 | 備考 |
| ソリッド スネーク | 拳銃 | M9 | 麻酔弾 レーザーサイト 減音器 |
| ソリッド スネーク | 拳銃 | USP | 9mmモデル レーザーサイト 減音器 フラッシュライト |
| ソリッド スネーク | 突撃銃 | M4A1 | − |
| ソリッド スネーク | 突撃銃 | AKS74-U | サブスタンスMISSIONS限定 |
| ソリッド スネーク | 自動小銃 | PSG1 | − |
| ソリッド スネーク | 突撃銃 | FAMAS? | ムービー中 |
| 雷電 | 拳銃 | M9 | 麻酔弾 レーザーサイト 減音器 |
| 雷電 | 拳銃 | SOCOM | 減音器 LAM |
| 雷電 | 突撃銃 | AKS74-U | 減音器 |
| 雷電 | 突撃銃 | M4A1 | − |
| 雷電 | 自動小銃 | PSG1 | − |
| 雷電 | 自動小銃 | PSG1-T | 麻酔弾 |
| 雷電 | 対空ミサイル | スティンガーミサイル | − |
| 雷電 | 偵察ミサイル | 二キータミサイル | 実在せず |
| 雷電 | 対人地雷 | クレイモア | − |
| 雷電 | 榴弾発射器 | RGB-6 | − |
| ソリダス スネーク | 短機関銃 | FN P90? | − |
| リボルバー オセロット | 拳銃 | コルト S・A・A? | − |
| オルガ ゴルルコビッチ | 拳銃 | USP | 9mmモデル レーザーサイト フラッシュライト |
| オルガ ゴルルコビッチ | 拳銃 | USSR マカロフ | − |
| セルゲイ ゴルルコビッチ | 拳銃 | USSR マカロフ | − |
| ファットマン | 拳銃 | グロック 18 | − |
| ゴルルコビッチ傭兵部隊 | 突撃銃 | AKS74-U | − |
| ゴルルコビッチ傭兵部隊 | 突撃銃 | ニコノフ AN94 | − |
| ゴルルコビッチ傭兵部隊 | 拳銃 | USSR マカロフ | ボディーアーマー兵（盾持ち）限定 |
| ゴルルコビッチ傭兵部隊 | 散弾銃 | フランキ スパス12 | ボディーアーマー兵限定 |
| イロコィ プリスキン | 突撃銃 | M4A1 | M203付 |
| SEALs 10兵士 | 突撃銃 | M4A1 | M203付 |
| 海兵隊員 | 突撃銃 | M4A1 コルト AR15A2 | 一部M203付 − |
| 天狗部隊兵 | 短機関銃 | FN P90? | − |
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