ウォシャウスキー兄弟による、コンピュータと人間の戦いを描くアクションシリーズ。アニメやゲームも出されている。
哲学的・宗教的なストーリーもさることながら、ジョン・ウー作品に代表されるようなスローモーション（バレットタイム）と二挺拳銃、メキシカン スタンドオフなどの「お約束」を踏襲しつつ、斬新なSFX・VFXを使ったアクションは後のハリウッド映画に多大な影響を与えている。特に日本ではCMで何度も放映された、音速で飛ぶはずの弾丸をネオが見切って避けるシーンは「マトリックス避け」として話題になった。
攻殻機動隊からインスピレーションを得たという話は有名。
| 使用者 | 銃器名 | 備考 |
| ネオ （トーマス・A・アンダーソン） | ツァスタバ CZ99 | エイポックから渡される |
| HK MP5K? | 二挺撃ち | |
| ベレッタ M92FS | ||
| CZE Vz61? | ストックレス ロングマガジン おそらくVz65かVz68 二挺撃ち | |
| IMI マイクロウージー? | ストックレス 二挺拳銃 | |
| コルト M16A1 | 初期型 殺した兵士から強奪 | |
| GE M134 | UH-1に搭載 | |
| トリニティ | グロック 17 | 警官から強奪 |
| ベレッタ M84 | 二挺拳銃 | |
| IMI マイクロウージー? | ストックレス | |
| フランキ スパス12 | 兵士から強奪 | |
| スイッチ | FN ハイパワー | − |
| エイポック | シグザウアー P228? | − |
| AAI M10? | ビル脱出時に使用 | |
| マウス | マンビル XM18 MG? | .50BMG弾を使うマシンガン 二挺撃ち |
| エージェント・スミス | IMI デザートイーグル | .50AE |
| エージェント・ジョーンズ | ||
| エージェント・ブラウン | ||
| 警官 | グロック 17 | 冒頭の追跡シーンで使用 |
| 兵士 | コルト M16A1 | 初期型 |
| フランキ スパス12 | − |
| 使用者 | 銃器名 | 備考 |
| トリニティ | IMI マイクロウージー? | ストックレス 二挺拳銃 |
| MAC M11? | − | |
| ベレッタ M92FSコンパクト | − | |
| モーフィアス | グロック 18C | 33連ロングマガジン チェイスシーンで使用 |
| ワルサー P99 | − | |
| ナイオビ | ベレッタ M92F | 二挺拳銃（スチール写真時だけ？） |
| ゴースト | シグザウアー P229スポーツ? | シルバーモデル ナイオビと共に車に乗っているシーンで所持 |
| 集会所入口の守衛 | スティーブンス M67 | ピストルグリップ、ソードオフ |
| ザ・ツインズ | H&K UMP45? | ダットサイト装着 チェイスシーンで使用 |
| エージェント・ジョンソン | IMI デザートイーグル | Mark.XIX .50AE |
| パーセフォニー | COP 357 | メロビンジアンの部下射殺時に使用 |
| メロビンジアンの手下 | IMI ウージー? | − |
| トンプソン M1928? | ドラムマガジン仕様 | |
| H&K MP5K? | − | |
| H&K G36K | AG36装着 | |
| コルト RO935 9mmSMG | − | |
| H&K MP5A3? | − |
・ストーリー
最後の闘いも終わりに近づいている。容赦なくザイオンを攻撃するマシンと、防衛一方の反乱軍。センティネルズの大群が襲いかかる。絶望感を跳ね返すように自由への渇望を募らせる日々。ネオ（キアヌ・リーブス）は自らのパワーを最大限に引き出せるのか。そして闘いを終わらせることができるのか。すべてが終わる前に――。
リローデッドでは見事なカンフーの使い手を演じたセラフ（コリン・チョウ）が、本作では二挺拳銃、しかも同時にコッキング（もしくはチャンバーの装弾確認）するという小技を披露している。
| 使用者 | 銃器名 | 備考 |
| トリニティー | ベレッタ M92FS INOX | クラブ入り口のガードから奪って発砲 フィンガーチャンネル付グリップは発砲無し |
| ベレッタ M92FS センチュリオン | 二挺拳銃 | |
| モーフィアス | HK MP5K? | フォアグリップレス ダットサイト装着 二挺撃ち |
| ワルサー PPK | 敵から奪って発砲 | |
| セラフ ”翼のない天使” | FN ブラウニングBDM? | 二挺拳銃 |
| ルガー P08 | 4インチ 敵から奪う 発砲無し | |
| トレインマン | SW M60 | 2インチ 地下鉄のシーンでは発砲有り |
| メロビンジアンの手下 | ベレッタ M92FS | シルバースライド（フレーム）やINOXモデル 二挺拳銃時もあり |
| グロック 17 | 二挺拳銃時もあり | |
| HK UMP? | ストックレス | |
| CZE Vz61? | 発砲無し | |
| ベレッタ M92FS センチュリオン | トリニティーから取り上げる 発砲無し | |
| HK MP5K? | モーフィアスから取り上げる 発砲無し | |
| FN ブラウニングBDM? | セラフから取り上げる 発砲無し | |
| ワルサー PPK | 発砲無し | |
| HK VP70 | シルバースライド？ 発砲無し | |
| ルガー P08 | 4インチモデル 発砲無し | |
| ベレッタ M92FS INOX | フィンガーチャンネル付グリップ 発砲無し | |
| シグザウアー P228? | 発砲無し | |
| FN ブラウニングBDM? | 発砲無し | |
| SW M36 | 発砲無し | |
| ベネリ M4 | ピストルグリップ？ 発砲無し | |
| シグ SG552 | 発砲無し |
| 使用者 | 銃器名 | 備考 |
| エージェント | IMI デザートイーグル | ディテクティブストーリーに登場 |
| 使用者 | 銃器名 | 備考 |
| ゴースト | IMI デザートイーグル | .50AE |
| グロック 18 | 34連マガジン | |
| コルト M1911A1 | − | |
| シグザウアー P229? | 二挺拳銃 | |
| ベレッタ M92FS | 二挺拳銃 | |
| HK MP5? | − | |
| MAC M11? | − | |
| シグ SG551 | − | |
| コルト M16A1 | 初期型 | |
| FN M249 | − | |
| ナイオビ | IMI デザートイーグル | .50AE |
| グロック 18 | 34連マガジン | |
| コルト M1911A1 | − | |
| ベレッタ M92FS | 二挺拳銃 | |
| HK MP5? | − | |
| MAC M11? | − | |
| シグ SG551 | − | |
| コルト M16A1 | 初期型 | |
| エージェント | IMI デザートイーグル | .50AE |
本作はウォシャウスキー兄弟が、映画三部作の内容を一本のストーリーに再編集したゲーム内容となっている。マトリックスのゲーム化第ニ弾ではあるが、『エンター ザ マトリックス』の続編ではなく、操作キャラクターも（要望の多かった）ネオになっている。
ゲーム化にあたって、映画本編では語られなかったバックグラウンドや異なるエンディングなど、若干の変更点が見られる。ジャンルはアクションなのでもちろん銃も登場するが、あまり種類は多くはない（しかも、エージェントのようなボスクラスの敵となると銃弾が効かず、自ずと格闘戦を強いられる）。
そのかわり、素手の格闘バリエーションや接近戦用武器の種類は豊富に揃っている（というより多すぎる……映画と同じアクションが再現できるのは嬉しいのだが、コマンドを覚えるのが大変）。
銃器の描写に関しておかしな点を挙げると、MP5A3?を二挺撃ちする時、なぜかストックを伸ばしたままだったり、ダブルバレル ショットガンの構え方が変だったり、M134をチェーンガンと呼んでいたり……（これに関しては、英語のセリフでも日本語の字幕でもチェーンガンとなっているので、明らかに製作者側の間違いだろう）。
| 使用者 | 銃器名 | 備考 |
| ネオ （トーマス・A・アンダーソン） | HK USP | 二挺拳銃も可能 |
| IMI デザートイーグル | .50AE 二挺拳銃も可能 | |
| HK MP5A3? | フラッシュライト装着 二挺撃ちも可能 | |
| ベネリ M3 | ピストルグリップ | |
| ダブルバレル ショットガン | ソードオフ 二挺撃ちも可能 | |
| コルト M16A3 | カナディアンマガジン仕様 | |
| アームスコー MGL? | − | |
| GE M134 | UH-1に搭載 | |
| トリニティー | HK USP | 二挺拳銃 |
| コルト M16A3 | カナディアンマガジン仕様 | |
| モーフィアス | コルト M16A3 | カナディアンマガジン仕様 |
| エイポック | HK MP5A3? | フラッシュライト装着 二挺撃ち |
| スイッチ | HK USP | − |
| ナイオビ | HK MP5A3? | − |
| ローランド | ベネリ M3 | ピストルグリップ |
| バラード | ベネリ M3 | ピストルグリップ |
| キーメーカー | アームスコー MGL? | 発砲無し（持っているだけ） |
| エージェント・スミス | IMI デザートイーグル | .50AE |
| コルト M16A3 | カナディアンマガジン仕様 | |
| エージェント・ブラウン | IMI デザートイーグル | .50AE |
| エージェント・ジョーンズ | ||
| エージェント・ジョンソン | ||
| エージェント・ジャクソン | ||
| エージェント・トンプソン | ||
| エージェント・ホワイト | ||
| 警備員 | 発砲無し（直後にエージェントになるため） | |
| 警察官 | HK USP | − |
| SWAT隊員 | HK USP | − |
| IMI デザートイーグル | .50AE | |
| HK MP5A3? | フラッシュライト装着 | |
| アームスコー MGL? | ローランド船長救出ミッション時に使用 | |
| 兵士 | HK USP | − |
| IMI デザートイーグル | .50AE | |
| HK MP5A3? | フラッシュライト装着 | |
| ベネリ M3 | ピストルグリップ | |
| ダブルバレル ショットガン | ソードオフ | |
| コルト M16A3 | カナディアンマガジン仕様 | |
| 兵士（隊長） | IMI デザートイーグル | .50AE |
| HK MP5A3? | フラッシュライト装着 | |
| ベネリ M3 | ピストルグリップ | |
| ダブルバレル ショットガン | ソードオフ | |
| 兵士（ベレー帽） | ベネリ M3 | ピストルグリップ |
| コルト M16A3 | カナディアンマガジン仕様 | |
| アームスコー MGL? | トリニティー&モーフィアスの 救出ミッション時に使用 | |
| ドーベルマン ヴァンパイア （メロビンジアンの部下） | HK USP | − |
| HK MP5A3? | フラッシュライト装着 二挺撃ち時もあり | |
| ベネリ M3 | ピストルグリップ | |
| ダブルバレル ショットガン | ソードオフ | |
| ヴァンパイア（ボス） | コルト M16A3 | カナディアンマガジン仕様 |
| エグザイル （難易度選択ステージ） | HK MP5A3? | フラッシュライト装着 二挺撃ち |
| エグザイル （捕虜になっている女） | ベネリ M3 | ピストルグリップ |
| プログラム・エネミー | HK USP | 二挺拳銃時もあり |
| IMI デザートイーグル | .50AE | |
| HK MP5A3? | フラッシュライト装着（ボスは二挺撃ち） | |
| レッドピル（警備員） | HK USP | 発砲無し |
| 中華街の住人 （ヒーラーの仲間） | HK USP | − |
| IMI デザートイーグル | .50AE | |
| HK MP5A3? | フラッシュライト装着 |
■1作目。トリニティがエージェント・ブラウンのこめかみに銃を突きつけて：
"Dodge this!"
（避けてみな！）
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