時は1998年。崩壊した国家が存在し、巨大人型兵器が闊歩する、我々の現実に近いながらも微妙にずれた世界。そこでは(ウィスパード)と呼ばれる人々を巡る戦いが、水面下で繰り広げられていた。
いずれの国家にも属さない極秘組織"ミスリル"に所属する兵士、相良宗介は、ある日上官から“ある人物”の護衛を命じられる。
その護衛対象は――東京都内の公立高校に通う女子高生千鳥かなめ。
任務ということでやむを得ず東京へ高校生として向かう宗介だが、彼は幼少期より世界中の戦場で育ったため、平和な世界(=日本)での常識を全く欠き、転校した高校では様々なトラブルを巻き起こしてしまう。
そして、修学旅行の当日、沖縄行きの飛行機が何者かにハイジャックされ――。
| 使用者 | 登場媒体 | 登場巻･話 | 銃種別 | 銃器名 | 備考 |
| 相良 宗介 | 小説 | − | 拳銃 | グロック 19 | レーザーサイト装備 |
| 相良 宗介 | アニメ | 無印&ふもっふ&TSR | 拳銃 | グロック 26 | − |
| 相良 宗介 | 小説 | 短編第1巻 | 拳銃 | コルト ガバメント | ビンテージ物 |
| 相良 宗介 | アニメ 小説 | ふもっふ第9話 短編第5巻 | 拳銃 | ノリンコ T54 | - |
| 相良 宗介 | アニメ | ふもっふ第9話 | 短機関銃 | イングラムM11? | サプレッサー装備 |
| 相良 宗介 | アニメ | ふもっふ第9話 | 短機関銃 | MP5A5KPDW? | ボン太くん時 |
| 相良 宗介 | アニメ | ふもっふ第9話 | 散弾銃 | ベネリ M3 | ボン太くん時 |
| 相良 宗介 | 小説 | 長編第5巻 | 突撃銃 | USSR AK47 | 幼少期アフガンにて |
| 相良 宗介 | 小説 | 長編第1巻 | 突撃銃 | アーマーライト AR18? | 絵のみ |
| 相良 宗介 | 小説 | 短編第1巻 | 散弾銃 | レミントン M870 | 魔法の〜 |
| 相良 宗介 | アニメ | ふもっふ第3話 | 投榴機 | HK HK69 | 訓練弾使用 |
| 相良 宗介 | 漫画 | − | 散弾銃 | フランキ スパス12 | − |
| 相良 宗介 | アニメ | ふもっふ第1話 | 短機関銃 | ステアー SPP? | フルオート改造 |
| 相良 宗介 | アニメ | ふもっふ第1話 | 軽機関銃 | FN ミニミ | − |
| 相良 宗介 | 小説 | 短編第1巻 | 対物火器 | HASAG パンツァーファウスト? | 魔法の〜 |
| クルツ ウェーバー | 小説 | 長編第6巻 | 拳銃 | FN ハイパワー | − |
| クルツ ウェーバー | 小説 | 短編第1巻 | 拳銃 | コルト ガバメント | 宗介のビンテージ物を譲渡 |
| クルツ ウェーバー | アニメ | 無印第12話 | 狙撃銃 | ワルサー WA2000 | − |
| クルツ ウェーバー | 小説 | 短編第8巻 | 狙撃銃 | AW コヴァート? | - |
| クルツ ウェーバー | アニメ | ふもっふ第8話 | 狙撃銃 | VSS ヴィントレス | - |
| クルツ ウェーバー | 小説 | 長編第6巻 | 短機関銃 | FN P90? | - |
| メリッサ マオ | 小説 | 長編第4巻 | 拳銃 | HK MK23 | − |
| メリッサ マオ | 小説 | 短編第4巻 | 突撃銃 | コルト AR15 | 具体的型番不明（A2?） |
| メリッサ マオ | 小説 | 長編第4巻 | 散弾銃 | フランキ スパス12 | ソウドオフ |
| メリッサ マオ | アニメ | TSR第3話 | 短機関銃 | FN P90? | − |
| テレサ テスタロッサ | アニメ | 無印第9話&第22話 | 拳銃 | ワルサー PPK? | - |
| テレサ テスタロッサ | 小説 | 長編第3巻 | 拳銃 | ワルサー TPH | .22LR |
| テレサ テスタロッサ | 小説 | 長編第6巻 | 短機関銃 | HK MP5K? | − |
| テレサ テスタロッサ | アニメ | ふもっふ | 短機関銃 | FN P90? | DVD6巻(限定版)ジャケット |
| ヤン ジュンギュ | アニメ | TSR第3話 | 拳銃 | グロック 18？ | コーナーショット ロングマガジン サプレッサー |
| ジマー軍曹 | 小説 | 短編第4巻 | 軽機関銃 | FN ミニミ | - |
| PRT要員 | 小説 | 長編第6巻 | 短機関銃 | FN P90? | − |
| PRT要員 | アニメ | TSR第3話 | 拳銃 | グロック 26？ | コーナーショット ロングマガジン サプレッサー |
| ゲーボ9(ヘリ)乗員 | 小説 | 長編第6巻、第7巻 | 重機関銃 | GE M134 | − |
| ガウルン | アニメ | 無印 | 拳銃 | シグ／ザウエル P226? | − |
| ガウルン | アニメ | 無印 | 短機関銃 | MAC M11? | − |
| 千鳥 かなめ | 小説 | − | 散弾銃 | レミントン M870 | ショートモデル |
| 風間 信二 | アニメ | ふもっふ第8話 | 狙撃銃 | VSS ヴィントレス | - |
| 風間 信二 | 小説 | 短編第8巻 | 狙撃銃 | AW コヴァート? | - |
| 常盤 恭子 | アニメ | ふもっふ | 散弾銃 | ベネリ/HK M4? | DVD2巻（限定版）ジャケット |
| 稲葉 瑞樹 | アニメ | ふもっふ | 対物火器 | DNAG パンツァーファウストIII | DVD3巻(限定版)ジャケット |
| 若菜 陽子 | アニメ | ふもっふ第9話 | 短機関銃 | FN P90? | 二丁拳銃 |
| 美樹原組組員 | アニメ | ふもっふ第9話 | 突撃銃 | コルト AR15A2 | M203装着 |
| 龍神会組員 | アニメ 小説 | ふもっふ第9話 短編第5巻 | 拳銃 | ノリンコ T54 | − |
| テロリスト | 小説 | 短編第7巻 | 短機関銃 | CZE Vz61? | - |
| バリク政府軍兵士 | アニメ | TSR第1話 | 突撃銃 | FN FNC | − |
| ゲイツ | アニメ | TSR第2話 | 拳銃 | CZ75BD | − |
| ゲイツ | アニメ | TSR第3話 | 対物火器 | USSR RPG7 | − |
| テロリスト(A21) | アニメ | − | 対物火器 | USSR RPG7 | − |
注:登場巻・話については、"長編""短編"と頭につくものが富士見ファンタジア文庫版、"Σ"がドラゴンエイジ連載版の"フルメタル・パニック！Σ"、"無印"がGONZO制作の第1作アニメ版"フルメタル･パニック！"、"ふもっふ"および"TSR"は京都アニメーション制作のアニメ版第2作"フルメタル･パニック？ふもっふ"、第3作"フルメタル･パニック！ The Second Raid"に該当します。
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