1959年、西ドイツ軍は特殊な水中作戦のために専門の訓練を受けた特殊部隊が必要であると決定。海軍内に特殊部隊を創設。これが戦闘水泳中隊である。
基幹要員は第二次世界大戦中にナチス・ドイツ海軍K戦隊に所属していた13名で、6ヶ月間フランス海軍特殊部隊コマンドゥジュベールにて訓練を受けた。その後1964年に独立部隊となる。
冷戦当時の任務は、ドイツ沿岸の防衛、機雷掃海、強襲、海岸線の偵察、東側港湾に潜入し船舶に対する破壊活動。また、実際に冷戦中に東側の港に何度か潜入し、海図作成のための偵察などをおこなった。